Klenteng Boen Tek Bio diperkirakan berdiri sekitar tahun 1684 oleh para penduduk Kampung Petak Sembilan secara bersama-sama. Pertama berdirinya bentuk bangunan sederhana dari bangunan semi permanen. Ketika awal abad ke-17 mengalami perubahan terhadap bangunan klenteng karena jalur perdagangan sekitar wilayah Sungai Cisadane mulai ramai. Perubahan terus terjadi hingga bentuknya yang sekarang “Boen Tek Bio”.

Pendirian Klenteng Boen Tek Bio tak lepas dari keberadaan orang Tionghoa di Tangerang dan sejarah Kota Tangerang. Keberadaan orang Tionghoa pertama kali diperkirakan pada tahun 1407 di muara Sungai Cisadane yaitu Teluk Naga. Tujuan utama orang Tionghoa adalah menuju Kota Jayakarta. Namun karena terjadi kerusakan perahu dan habisnya perbekalan, maka terdamparlah mereka di Kota Tangerang. Gelombang selanjutnya orang Tionghoa datang ke Tangerang sekitar tahun 1740 setelah adanya pembantaian orang Tionghoa di Batavia oleh VOC.